Azərbaycanda hər il avqustun 5-i Ümummilli Lider Heydər Əliyevin 1996-cı ildə imzaladığı Fərmana əsasən, Hərbi Dəniz Qüvvələri Günü kimi qeyd edilir.
AZERTAC-a istinadən xəbər verir ki, Azərbaycanın Hərbi Dəniz Qüvvələrinin tarixi 1919-cu ilin avqust ayına təsadüf edir. Həmin dövrdə ingilis qoşunları Azərbaycanı tərk etdikdən sonra milli hərbi donanmanın formalaşdırılmasına başlanılıb. Bundan əvvəl Xəzər dənizinin qərb sahillərinin müdafiəsini ingilis hərbi gəmiləri həyata keçirirdi.
Yeni yaradılan hərbi donanmada yüksəkrütbəli azərbaycanlı zabitlərdən yalnız “Ərdahan” və “Astrabad” gəmilərində xidmət edən dəniz xidməti kapitanı Həsən Çilingərzadə və I dərəcəli kapitan Gitançızadə təmsil olunurdu. Həmin dövrdə Hərbi Nazirliyin tərkibində donanma üzrə ayrıca bölmə olmadığından Xəzər hərbi donanmasına aid məsələlərə Nəqliyyat Nazirliyi nəzarət edirdi.
1919-cu ilin sonlarında Baş qərargahın nəzdində 6 ştat vahidindən ibarət xüsusi hərbi dəniz şöbəsi yaradıldı. Azərbaycan Xəzər hərbi donanmasının tərkibində 75, 100 və 120 millimetrlik toplarla silahlandırılmış “Ərdahan” və “Kars” kanoner gəmiləri, “Astrabad”, “Göytəpə”, “Araz”, “Nargen” xidməti və köməkçi gəmiləri, “Oryol” nəqliyyat gəmisi, silahlı “Puşkin” paroxodu, eləcə də kifayət qədər kater mövcud idi.
Kadr hazırlığını gücləndirmək məqsədilə Bakı Dəniz Aviasiyası Məktəbinin bazasında Xüsusi Hərbi-Dəniz Aviasiyası Məktəbi yaradıldı, 1919-cu il oktyabrın 14-də isə dəniz aviasiyası dəstəsi formalaşdırıldı.
Donanmanın texniki imkanlarının artırılması üçün Paris Sülh Konfransına təqdim edilən memorandumda sualtı qayıqlar, mərmi ehtiyatları və digər zəruri vasitələrlə təminata dəstək göstərilməsi xahiş olunmuşdu. Bu çərçivədə 6 sualtı qayıq, müxtəlif tipli döyüş katerləri və dəniz artilleriyası sifariş edilsə də, 1920-ci ildə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin süqutu güclü hərbi donanmanın yaradılmasına imkan vermədi.
Azərbaycan müstəqilliyini bərpa etdikdən sonra, 1991-ci il oktyabrın 9-da Azərbaycan Respublikasının parlamentində qəbul edilən “Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələri haqqında” Qanun Silahlı Qüvvələrin tərkib hissəsi kimi Hərbi Dəniz Qüvvələrinin yaranmasının hüquqi bazasını müəyyənləşdirdi. Rusiya, Qazaxıstan, Türkmənistan və Azərbaycan arasında əldə olunan razılığa görə respublikamız keçmiş Xəzər hərbi donanmasının ərazisində yerləşən bütün bazalarına və hərbi gəmilərinin 25 faizinə sahib oldu.
1992-ci il iyulun 26-da “Bakılı” gözətçi gəmisində ilk dəfə müstəqil Azərbaycanın üçrəngli Dövlət Bayrağı qaldırıldı və bununla da, Hərbi Dəniz Qüvvələrinin formalaşdırılması prosesi başladı. İlk mərhələdə donanmanın tərkibinə müxtəlif tipli gəmilərdən ibarət 5 diviziya və sahil bölmələri daxil edildi. Eyni zamanda, Xəzər hövzəsində müşahidə məntəqələri və mayakların fəaliyyəti bərpa olunmağa başladı.
Qarabağ uğrunda gedən döyüşlər zamanı Hərbi Dəniz Qüvvələrinin gəmi və sahil bölmələrinin şəxsi heyəti əsasında qısa müddətdə Dəniz Piyadası Taboru yaradıldı. Tabor 1994-cü il aprelin 19-da Ağdam–Tərtər istiqamətində hücumların qarşısını almaq məqsədilə cəbhəyə göndərildi və iyulun 25-də tapşırığı uğurla yerinə yetirdikdən sonra hərbi hissəyə qayıtdı.
1997-ci il noyabrın 4-də qəbul edilən “Azərbaycan Respublikasının Hərbi Dəniz Bayraqları haqqında” Qanunla hərbi və köməkçi gəmilərdə qaldırılan bayraqların əsasnaməsi qəbul edildi. 2000-ci il avqustun 7-dən etibarən isə Hərbi Dəniz Qüvvələrinin bütün gəmilərində rəsmi hərbi dəniz bayrağı qaldırıldı.
Türkiyə ilə hərbi əməkdaşlıq çərçivəsində P-223 kiçik artilleriya kateri Azərbaycana hədiyyə edildi. Kater 2000-ci il iyulun 22-də İzmirdən yola çıxaraq Türkiyə, Ukrayna və Rusiya ərazilərindən, Egey, Mərmərə, Qara, Azov və Xəzər dənizlərindən, Çanaqqala, İstanbul və Kerç boğazlarından, Don və Volqa çaylarından və onları birləşdirən 18 hovuzdan keçərək ümumilikdə 2345 dəniz mili məsafə qət etdi və avqustun 7-də Hərbi Dəniz Qüvvələrinin əsas bazasına gətirildi.
Hərbi Dəniz Qüvvələrinin Xüsusi Təyinatlı Mərkəzinin şəxsi heyəti Türkiyənin və Amerika Birləşmiş Ştatlarının dəniz piyadaları ilə birgə təlimlərdə iştirak edib. Bununla yanaşı, zabitlərin peşə hazırlığının artırılması məqsədilə müxtəlif ölkələrlə təcrübə mübadiləsi aparılıb və onların beynəlxalq tədbirlərdə iştirakı təmin olunub.
Döyüş hazırlığı planına uyğun olaraq, Xəzər hövzəsinin cavabdehlik zonasında əlverişli əməliyyat şəraitinin qorunması, sualtı ixrac neft-qaz boru kəmərlərinin və platformalarının mühafizəsinin təmin edilməsi məqsədilə hər il Hərbi Dəniz Qüvvələri, Hərbi Hava Qüvvələri və Dövlət Sərhəd Xidmətinin Sahil Mühafizəsi birgə təlimlər keçirir. Bu istiqamətdə şəxsi heyətin hazırlığının yüksəldilməsi üçün davamlı tədbirlər görülür.
Hərbi Dəniz Qüvvələrinin şəxsi heyətinin peşəkar hazırlığının artırılması məqsədilə mütəmadi olaraq müxtəlif təyinatlı təlimlər keçirilir. Şəxsi heyət, həmçinin beynəlxalq səviyyəli təlimlərdə və xarici tərəfdaşlarla birgə keçirilən hərbi hazırlıq proqramlarında iştirak edərək, bilik və bacarıqlarını daha da təkmilləşdirir. Hazırda da müasir döyüş tələblərinə uyğun hazırlıq prosesi fasiləsiz davam etdirilir və döyüş hazırlığının yüksək səviyyədə saxlanılması istiqamətində ardıcıl tədbirlər həyata keçirilir.
2015-ci ildə Silahlı Qüvvələrin Ali Baş Komandanı İlham Əliyevin göstərişi ilə Qaradağ rayonunda tikilən Hərbi Dəniz Qüvvələrinin yeni və müasir bazası istifadəyə verildi. Burada qərargah binası, körpülər, hərbi şəhərcik tikilib, eləcə də müasir kommunikasiya infrastrukturu yaradılıb. Gələcəkdə yeni gəmilərin inşası və mövcud gəmi-katerlərin modernləşdirilməsi də nəzərdə tutulur.
2020-ci il sentyabrın 27-də başlayan Vətən müharibəsində Hərbi Dəniz Qüvvələrinin xüsusi təyinatlıları yüksək peşəkarlıq və qəhrəmanlıq nümayiş etdirərək Zəngilan, Cəbrayıl, Füzuli, Qubadlı rayonlarının və Şuşa şəhərinin azad olunmasında fəal iştirak etdilər. 2020-ci il oktyabrın 25-də Qubadlının azad edilməsi barədə Prezident, Silahlı Qüvvələrin Ali Baş Komandanı İlham Əliyevə videogörüntü ilə məruzə edən Hərbi Dəniz Qüvvələrinin Xüsusi Təyinatlılarının komandiri idi.
Vətən müharibəsi zamanı Hərbi Dəniz Qüvvələrinin 9 hərbi qulluqçusu şəhid olub, 50 nəfər isə yaralanıb. Prezidentin müvafiq sərəncamları ilə şəhid kiçik miçman Fəqan Amil oğlu Zalova ölümündən sonra, daha 2 hərbi qulluqçuya isə "Vətən Müharibəsi Qəhrəmanı" adı verilib. Digər hərbi qulluqçular müxtəlif orden və medallarla təltif olunublar.